Xã Cẩm Châu được thành lập năm 1964 trên cơ sở chia tách từ xã Cẩm Tâm[5].
Năm 2009, sau khi thị trấn nông trường Thống Nhất (huyện Yên Định) được giải thể, 43,77 ha diện tích tự nhiên do thị trấn nông trường Thống Nhất quản lý đã được chuyển về xã Cẩm Châu[2].
